הרמב"ם של דורנו- מאה שנה להולדת הרב קאפח

הרה"ג יוסף קאפח זצ"ל, היה מגדולי מפרשי הרמב"ם ומתרגם כתבי הראשונים, ממנהיגי יהדות תימן, חבר מועצת הרבנות הראשית ודיין בבית הדין הגדול בירושלים. הרב זכה בפרס ישראל, ובפרסים יוקרתיים נוספים רבים על תרומתו הגדולה לעולם התורה, ליהדות, למחקר התורני ולחקר יהדות תימן. דמותו הינה דמות ייחודית שהטביעה חותם לדורות.

ממש היום, יב בכסלו התשע"ח, לפני מאה שנים בדיוק (תרע"ח, 1917), נולד הרב קאפח בעיר הבירה צנעא שבתימן, לאביו הרב דוד, תלמיד חכמים שעסק גם בתורת הדקדוק, ואיש חסד מובהק. בהיותו כבן שנה, התייתם מאביו, ובהיותו בגיל שש נפטרה גם אמו. מאז גדל והתחנך בבית סבו הרה"ג יחיא קאפח, שהיה גדול הדור באותה תקופה בתימן.

הילד יוסף למד אצל הרבנים הרב שלום קורח והרב יחיא נסים מנצורה, בעיקר לימודי קודש קריאה וכתיבה, דרכי עשיית הדיו והכנת הקלף. אחרי שגדל מעט, עבר ללמוד אצל סבו הרב יחיא קאפח ונמנה עם צוות תלמידיו בהעתקת כתבי יד עתיקים וספרים קדומים, שם רכש את חיבתו להצלת כתבי יד וחיבורים נדירים. הוא התלווה לסבו בחיפוש אחרי כתבי יד בגניזות העתיקות בתימן, וגופו הקטן עזר לו להגיע למקומות צרים ודחוקים כדי לגאול עוד חיבור שנשכח מהעולם. בדרך זו ניצלו כתבי יד של פירוש המשנה לרב נתן אב הישיבה שקדם לרמב"ם (לפני כ 900 שנה), שו"ת הריטב"א, כתב יד שו"ת ראב"י אב"ד (רבי אברהם בן יצחק, דיין בנרבונא), שו"ת הראב"ד (הרב אברהם בן דוד, בעל ה'השגות' על הרמב"ם) וספרו 'בעלי הנפש', שו"ת רבנו תם (נכד רש"י), תיעוד של פסקים מתקופת הגאונים (פירוש קדום מלפני 900 שנה על הרי"ף למסכת חולין) ועוד, חלקם כתבי יד יחידים בעולם, שלא נשתמרו בארץ מוצאיהם אלא בתימן בבית משפחת קאפח.

הרב יחיא קאפח, עודד את דורו להקדיש יותר ללימוד התלמוד, וללימוד תורתם של ראשונים בתחומי ההלכה, המדרש, הפרשנות והפילוסופיה, כגון: ספר 'אמונות ודעות' לרב סעדיה גאון, ספר 'הכוזרי' לרבי יהודה הלוי, ספר 'חובות הלבבות' לרבנו בחיי, והכול מתוך כתבי היד בלשון הערבית שנכתבו בה במקור. גולת הכותרת של סבו היה לימוד ההלכה וההשקפה של הרמב"ם מתוך ספריו (פירוש המשנה, ספר המצוות, מורה נבוכים ועוד) וההליכה לאורו בכל התחומים. הרב העביר לנכדו מסורות קדומות של פירושים על הרמב"ם, ונלחם בתוקף באמונות תפלות, השדים והכישופים שהיתה רוויה בתימן, כפי שהרמב"ם נהג בזמנו.

יוסף הצעיר למד בבית סבו את מסורת השפה הערבית הקדומה של תקופת ימי הביניים, תקופת רבי סעדיה גאון והרמב"ם, שכבר נשכחה מהעולם. הוא למד מדעי הטבע, אסטרונומיה, זואולוגיה, ביולוגיה ועוד, משום שמדעים אלו נחשבו בעיני סבו בעקבות הרמב"ם - כלימודי קודש וכמצווה, לדעת ולהכיר את הבריאה של הקב"ה ומתוך כך להגיע לאהבתו. הסב הישיש פיתח ביוסף את חוש הסקרנות והוא אף למד לעבד עורות, לצוד נחשים ועקרבים, לנתח בעלי חיים ולהתחקות אחרי דרך התנהגותם בטבע. כך למשל כשרצה להראות לנכדו את שלבי התרקמות האפרוח, עקבו יחד במשך עשרים ואחד ימים אחר עשרים ואחת ביצים, כאשר מידי יום הם בודקים ביצה אחת.

כשסבו היה יוצא ללמוד תורה בבית המדרש באחת בלילה, יוסף שהיה כבן שבע, היה רודף אחריו ומצטרף אליו, מרוב אהבתו ללמוד תורה ורצונו להתגדל בחכמה וביראה.

בהיותו כבן אחת עשרה החל ללמוד את מלאכת הצורפות, המלאכה בה עסקו בני משפחת קאפח במשך דורות, וכל זאת כמובן במקביל ללימודי התורה סבו הסביר לו כי לא רצוי ללמוד רק מקצוע אחד, וכדאי ללמוד גם מקצועות נוספים לעת מצוא. כך הוסיף ולמד נגרות ומאוחר יותר גם שחיטה וניקור.
כשהגיע לגיל ארבע עשרה, בשנת תרצ"ב (1932), נפטר סבו האהוב והנערץ, "חשך עליו עולמו", כפי שהוא כותב בזיכרונותיו. הקשר בין הסב והנכד היה חזק כל כך, עד שיוסף ישב והתאבל על סבו בשורת האבלים.
לאחר פטירת הרב יחיא קאפח, החל הרב יוסף למלא את מקומו של סבו במסירת שיעורים בבית המדרש. באותה תקופה, העלילו עליו עלילת שווא, והוא נאסר על לא עוול בכפו. בתימן הייתה קיימת "גזֵרת היתומים", שקבעה כי כל מי שאינו מוסלמי, והוא יתום מאב ואם, אחת דתו – להתאסלם. כל עוד סבו היה בחיים, העלימו ממנו השלטונות עין בגלל ההערכה אליו, אך כעת בתוך תקופת מאסרו, הלשינו עליו שהוא יתום מאב ואם והגזרה הייתה קרובה לחול עליו. הרב יחיא אביץ' שכיהן כרבה הראשי של תימן, והיה תלמיד-חבר לרב יחיא קאפח, ובד בבד גם איש אמונו של האימאם, נחלץ לעזרת הילד היתום יוסף. האימאם, שהבין מדוע הגיע אליו נציגם של היהודים, פטר אותו במילה אחת: "זווג'וה" (בערבית, "תחתנו אותו"), ואכן סרה מעליו אימת הגזירה, כאשר התחתן הרב יוסף עם בת דודו ברכה, שהיתה בת אחת עשרה בלבד, ולימים נודעה כרבנית ברכה קאפח, הידועה במפעלי החסד שלה וזוכת פרס ישראל על מפעל חייה.

כממשיך שושלת אבותיו, עסק הרב קאפח בצורפות, ולא התפרנס מלימוד תורה. כך נהגו יהודי תימן, שגם גדולי רבניהם התפרנסו מיגיע כפיהם, על פי הוראת הרמב"ם בעקבות חכמי המשנה והתלמוד, ולא שמו עצמם נטל על הציבור. הוא היה צורף אומן שפיתח בעצמו גם כמה מיומנויות ייחודיות בתחום. שנים רבות לאחר מכן, כשכתב את פירושו למשנה תורה, ציין בהלכות שבת בדין כיבוי גחלת של מתכת: "ואילו לא עסקתי בנפחות אלא כדי להבין דברי רבנו, דיי".

הרב קאפח הוסיף ללמוד וללמד בבית מדרשו, והתמיד בלימודו כשהוא מסתפק בשינה בת שלוש או ארבע שעות בלבד. לאחרונה מצאתי מכתב נדיר, המעיד על שקדנותו העצומה, ובו הוא מבקש מאחד מחבריו שכבר היה בארץ ישראל לקנות לו: "סם הממעט את השינה או העוקרה מעיקרה [...] יען שזה נחוץ לי מאד". כמובן שכוונתו לנחיצות בלימוד התורה באופן רצוף בלא הפסקה לצורך שינה... שם בתימן, בהיותו כבן שבע עשרה, חיבר את פירות הביכורים שלו: קונטרס "שיחת דקלים", מסה עיונית שתכליתה בירור מונחים מעולם הפילוסופיה והקבלה, וביקורת על שמואל דוד לוצאטו – שד"ל. וכן פיוט העוסק במניין המצוות על פי הרמב"ם (בדומה ל"אזהרות" שחיבר רבי שלמה אבן גבירול).

הרב יוסף המשיך להתגדל בלימוד תורה בלילות עם תלמידי חכמים, הוא היה לומד גמרא בבית המדרש, וממשיך אח"כ ללמוד אסטרונומיה עם חברו הרב עזרי גיאת ואחיו הרב משה גיאת עד שעה אחת עשרה בלילה. לאחר מכן חזר לביתו לישון עד השעה שתיים לפנות בוקר, ושוב חזר לבית המדרש ללמוד גמרא לפני אחד מתלמידי סבו, הרה"ג רצ'א צארום. בתקופה זו למד והתפרנס ממלאכת השחיטה והניקור והיה ידוע כמומחה במלאכה זו. בהיותו כבן עשרים שנה בלבד החל לענות לשאלות שהופנו אליו מתלמידיו, אף שבוגרים היו ממנו.

חפצו של הרב יוסף לעלות לארץ ישראל גבר מיום ליום, ובשנת תש"ג (1943), בגיל עשרים וחמש, החליט שהגיע הרגע לעלות לארץ ישראל. בתוך שבועיים ימים מכר את סחורתו במחיר הפסד, וזאת כדי להקדים את העלייה כמה שיותר. הרב ואשתו עלו עם ילדיהם: דוד - שהיה כבן שבע, נעמי - שהיתה כבת ארבע, ויחיא הקטן - שטרם מלאו לו שלוש שנים. גם הסבתא הרבנית נעמה, אשת הרה"ג יחיא קאפח זצ"ל הצטרפה אליהם. תלאות הדרך, והפתעות הסביבה לא הרפו מרצונו לזכות לעלות לארץ הקודש, הרבנית הישישה לא עמדה בתלאות הדרך ונפטרה. גם בנו הקטן התקשה להתמודד עם המסע המפרך, חלה ונפטר. הרב יוסף קאפח חש על בשרו את ייסורי העלייה לארץ ישראל, והקריב שני קרבנות חשובים בחייו.

בהגיעו לארץ ישראל, התגורר עם משפחתו תקופה קצרה אצל דודו בתל אביב, ואח"כ שכרה המשפחה דירת חדר באזור. הרב חי בצנע ובצמצום, ובלילה נהג לישון על מיטה מתקפלת שנפתחה מחוץ לדלת הכניסה. באחד הימים, גילה הרב שנגנב לו השעון בלילה, שעון שהיה מזכרת מסבו.
לא קלים היו ימיו בתל אביב, וגעגועיו לחיים המסורתיים בתימן הביאו אותו להעלות את הכתב את 'הליכות תימן', שם תיאר בפרוטרוט ובדיוק נמרץ את חיי יהודי תימן בכל תחומי החיים. לא היה בדעתו להוציא לאור ספר זה, אך לימים יצא הספר לאור והביא תועלת רבה לבני תימן, ללומדי תורה ולחוקרים.
לפרנסתו, חזר הרב קאפח לעבוד בעבודת הצורפות, בתחילה כשכיר ולאחר מכן כעצמאי, ותקופה קצרה אף התפרנס גם מכתיבת מזוזות. במשך שהותו בארץ, הרגיש הרב שסוגיות רבות ונושאים תורניים החלו להיטשטש בזיכרונו מפאת הזמן הרב שעליו להקדיש לפרנסה ומיעוט הזמן שהצליח להקדיש ללימוד תורה, ואז החל לחפש מסגרת תורנית בה יוכל להמשיך את השקידה והעמקה שידע בתימן. הרב בחר ללמוד בישיבת 'מרכז הרב', הישיבה המרכזית העולמית של הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל. הרב יוסף קאפח נמשך לישיבתו בגלל סבו שהחליף מכתבים עם הרב קוק. עוז רוחו וגבורתו של הרב קוק, ראייתו הלאומית ארוכת הטווח ואהדתו למפעל ההתיישבות הציוני – שבו את ליבו.
כשהגיע לישיבת 'מרכז הרב', הזמינו ראש הישיבה הרב חרל"פ לשיחה על מנת להכיר את התלמיד החדש. בשיחתם נדונו דבריהם על הרמב"ם ורבנו סעדיה גאון, רבי יהודה הלוי ורבנו בחיי, ועוד מגדולי הראשונים במחשבת האמונה, בהעמקה ובבקיאות. שיחת תלמידי חכמים בהוראת ההלכה ודרכיה, בלימוד התורה והפוסקים. ראש הישיבה גילה שהגיע לישיבה אוצר בלום של תלמיד חכמים עצום ושקדן שמכיר את ספרות הראשונים מתוך כתבי היד התימנים המדויקים ובלשון הערבית המקורית של זמנם. כך היה גם אצל הרב הנזיר, הרב דוד הכהן. הרב קאפח שקד על לימודו בישיבה מהשעות המוקדמות של הבוקר ועד השעות המאוחרות של הלילה, ישב ועסק בתורה מבלי להרגיש צורך פיזי להזין את גופו, מתמיד אמיתי שלא שבת מלימודו. אחד השיעורים הידועים היה של הרב הנזיר שלימד שיעורים מספר ה'כוזרי' לריה"ל מתוך עותק מודפס בתרגום לעברית, ואילו הרב קאפח יושב לידו עם 'הכוזרי' שנכתב במקור בערבית יהודית של ימי הביניים, וציין שגיאות של הספר המודפס לפני התלמידים.
למרות לימודו בישיבה וקבלת קצבה חודשית ממנה, הרב החשיב זאת כהלוואה וניהל פנקס רישום של כל פרוטה ופרוטה שקיבל מהישיבה. כאשר חזר לעבודה וחסך כסף, הקפיד להחזיר את כל ההלוואה עד הפרוטה האחרונה, כפי שחונך עפ"י תורתו של רבנו הרמב"ם שאין לקבל שכר על לימוד תורה.

במהלך השנה הראשונה ללימודיו בישיבה נשאר הרב קאפח לבדו בירושלים במשך כל השבוע, וחזר למשפחתו לתל אביב בערב שבת.
לאחר שנה עלתה המשפחה כולה לירושלים, בה גרו בדירת חדר ששכרו בשכונת נחלת אחים. בהקמת המדינה הצטרף הרב לשירות ב"משמר העם", כדי לקיים בגופו מצות "עזרת ישראל מיד צר".

מהר מאוד עלה הרב קאפח מעלה מעלה בעולם התורני, והתבקש ע"י הרב בן ציון מאיר חי עוזיאל להגיש בקשה לדיינות. בשנת תש"י התמנה לחבר בבית הדין בת"א. עתה התהפכו היוצרות, והרב נשאר בתל אביב כל ימות השבוע, וחזר לירושלים לכבוד שבת.
בשנת תשי"א התמנה לדיין בבית הדין בירושלים. בתש"ל התמנה לחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל, ולחבר בבית הדין הרבני הגדול של הרבנות הראשית לישראל. פעם אחר פעם, דחה הצעות להיות רב ראשי לישראל, ואף הצעה לכהן כשר הדתות, כדי שיוכל להתמסר למפעל חייו שהוא הצלתם וגאולתם של ספרי הראשונים.

בבית הדין האזורי ובבית הדין הגדול, ישב הגר"י קאפח ודן דינים לאור אמיתה של תורת אמת יחד עם גדולי הרבנים, ובהם: הרב צבי פסח פרנק, הרב יעקס עדס, הרב יוסף שלום אלישיב, הרב אליעזר וולדינברג, הרב עובדיה יוסף, הרב אליעזר גולדשמיט, הרב שאול ישראלי, הרב שלמה גורן, הרב מרדכי אליהו, הרב אברהם שפירא, הרב בצלאל ז'ולטי, ועוד.
במהלך כל שנות מגוריו בירושלים לימד הרב שיעורים קבועים בקהילתו, בבית הכנסת "אבי דוד". סדרי השיעורים היו קבועים: בימי ראשון שיעור מחשבה והלכה; בימי חמישי שיעור בהלכה, ובכל יום שיעור בגמרא. בשבת התקיים שיעור קבוע במשניות מעלות השחר עד זמן שחרית, ואחה"צ משעה אחת עד לזמן מנחה התקיים שיעור ארוך בגמרא ובמשנה תורה. במשך עשרות שנים לא ביטל אף שיעור קבוע, כפי שהעידו תלמידיו. כשהציעו לרב לצאת לחופש אמר כי ה"החופש שלי הוא הרמב"ם". תלמידיו העידו כי אף על פי שהיו יושבים כתלמידים לפני רבם, נתן הרב בענוותנותו את התחושה שהם יושבים כחבר מול חבר.
בכל ימיו היה משכים לבית הכנסת עוד לפני השעה ארבע, ומיד כשחזר מן התפילה פנה לעבודתו בבית הדין, ולאחר פרישתו נכנס לחדר העבודה. מעולם לא נח בצהרים, ואת שנתו המעטה השתדל לכוון לתחילת הלילה, שעה שאנשים עדין ערים, כדי שיכול לקום ללמוד בשעות הקטנות של הלילה, שעות השקט והדממה.
בכל ערב שבת הקדים לבוא לבית הכנסת כדי לחזור על פרשת השבוע בספר התורה בו יקראו מחר, ואם יש צורך לתקנו. כך לא נמצאו טעויות בשעת קריאת התורה בבית הכנסת של הרב קאפח.
גדולתו של הרב פרשה כנפיים למרחקים, וזאת משום שנדיר היה למצוא בדמות אחת כישורים ייחודיים כה רבים, כפי שנמצאו אצל הרב קאפח. הרב היה גם תלמיד חכמים עצום שהכיר את התלמוד על בוריו בבלי וירושלמי, ידע את כל חיבורי הרמב"ם השו"ע ושאר והראשונים, זאת מתוך כתבי יד התימנים העתיקים והמדויקים, הכיר את השפה הערבית של ימי הביניים על רבדיה מבלי להזדקק לתרגומים אחרים, הוא הכיר את מדעי הטבע והאסטרונומיה הקדומה, היה שוחט, מוהל, סופר סת"ם, ואף ידע את המציאות לאשורה מתוך שהיה בעל מקצוע מעולה בשלל מלאכות ותחומי ידע ומעש, ולבסוף היה נאמן לשבילי חשיבתו של הרמב"ם.
ספרות חכמי ימי הביניים נכתבה בלשון ערבית כדי להיטיב עם בני דורם ששפתם היתה ערבית, אך כל התרגומים לעברית שנדפסו לא היו מדויקים די הצורך. במקומות רבים שובשה הכוונה, ואף במקום שתורגמו נדברים כהווייתם – הניסוח לעיתים היה קשה ומסורבל, ולכן היתה ספרות זו זרה ומרוחקת מהעולם התורני. הרב קאפח נחשב כדמות המתאימה ביותר להציל ספרות זו, ולתרגמה בצורה המתוקנת, הברורה והנכונה ביותר, תוך כדי תשומת לב מעמיקה לכך שהלומד יסגל לעצמו את שבילי חשיבתו ובית מדרשו של המחבר עצמו. הרב קאפח תרגם, ההדיר, ביאר ופירש יותר משבעים וחמש ספרים(!), וכתב מאות מאמרים תורניים ומחקרים בעולם היהדות ובתרבות תימן – והכול בעשר אצבעותיו, ללא צוות של עוזרים ומגיהים. מעולם לא קיבל שכר סופרים עבור ספר או מאמר שכתב.

כשתרגם את פירוש המשנה לרמב"ם, היה זה בגדר מהפכה של ממש. עד הרב קאפח, פירוש המשנה המודפס היה חיבור משובש ומלא חסרונות. חכמי ישראל שבכל הדורות שקדו ועמלו לפענח את דברי הרמב"ם, אך רובם לא הכירו את השפה הערבית, ולא יכלו לעמוד על דברי הרמב"ם במקורם. זכה דורנו שכתב ידו של רבנו הרמב"ם נתגלה זה מכבר, והרב קאפח הוציא את משאלת ליבו מן הכח אל הפועל. וכעת, כל תלמידי החכמים שבדור עוסקים בו ושותים בצמא את דבריו. על מפעלו זה קיבל הרב קאפח את פרס ישראל. אך גולת הכותרת של מפעלו הספרותי היה הוצאת מהדורה מתוקנת של 'משנה תורה' לרמב"ם מוגה מתוך כתבי יד תימניים שנחשבים כמדויקים והמהימנים ביותר בעולם, עם לקט של כשלש מאות מפרשים. עליהם הוסיף את פירושו, שיתרונו הגדול הוא בכך שפירש את דברי הרמב"ם על פי דברי הרמב"ם משאר חיבוריו, כך יישב מאות קושיות שנשאלו על הרמב"ם, בבחינת דברי תורה עניים במקום אחד ועשירים במקום אחר. על מפעלו של הרב קאפח, כתב רמבמיס"ט אחר, הלא הוא הרב נחום אליעזר רבינוביץ:
"אילו נסתיים מפעלו האדיר של הגר"י קאפח "רק" במהדורותיו של ספרי הרמב"ם שנכתבו מתחילה בלשון ישמעאל, כי אז היה מקומו מובטח בין גדולי מרביצי התורה. אולם הענק הזה, גם בכך לא הסתפק. בראותו כמה מתלבטים תלמידי חכמים להבין פסקיו של מורה הדורות, והרבה בגלל נוסחאות משובשות... מצא הרב קאפח (שליט"א) [זצ"ל] כתבי ידות אמינים ביותר לבסס עליהם את מהדורתו... מובן מאלייו מה רב ערכה של מהדורה זו... בלי צוות חוקרים אלא הכל בכוחות עצו, ובשקידה מופלאה שקשה למצוא דוגמתה... כמו שאמר הרמב"ם על עצמו, כך ניתן לומר על פעלו של הגר"י קאפח... כי רק בזמנים הבאים יכירו במלוא הודו והדרו".
בדרכו, היה הרב חוליה המקשרת את דורנו לדור ההמשך של חכמי 'תור הזהב' שידעו לשלב בין הלכה להגות, בין פסיקה לפילוסופיה, בין תורה למדע, כי "אין שלמות דתית ללא ידיעת ה' והנהגותיו בעולם הזה".
יהדות תימן נחשבה כ'שמורת טבע' של היהדות העולמית האותנטית וזאת משום אי נדידתם של היהודים מחוץ לתימן, שמרנות של מנהגים ומסורות, ומדיניות בידוד של השלטון המוסלמי הקיצוני, שיצרה מציאות חיים שתאמה מאוד למציאות החיים בתקופת חכמי המשנה והתלמוד. חוקרים רבים מכל העולם עלו לביתו של הרב קאפח כדי לשאול, להתייעץ ולברר מסורות קדומות של מנהג והלכה, קריאה ולימוד בספרי הקודש, זיהוי צמחים ובעלי חיים מתקופת המשנה, חפצים מתקופת התלמוד והגאונים, אסטרונומיה קדומה, ועוד. שימור והעברת מסורת כשרות אכילת בעלי חיים נדירים היה חשוב מאוד לרב קאפח והוא לא נרתע לתת הסכמה על אכילתם, כגון: ארבה, טווס, ציפור דרור, פסיון, ג'ירף ועוד.
את ספריו היה נוהג הרב קאפח לכתוב על שולחן עץ פשוט ובישיבה בשׂיכוּל רגליים על ספסל. "כך ישבו אבותינו" הוא אמר, וטען, כי בדרך זו הוא יכול להתרכז כראוי.
גדולתו של הרב חצתה מגזרים והשקפות. כאשר הרבי מליובביץ' התקשה בהבנת הרמב"ם, עצר את שיעורו עד קבלת תשובה מהרב קאפח. הגרי"ז מבריסק, מנהיג העדה החרדית, נהג אף הוא לשלוח אל הרב קאפח שאלות בהבנת הרמב"ם, וביקש לקבל ממנו את נוסח הרמב"ם המקורי על פי כתבי היד.
הספרייה של הרב היתה גדולה ומגוונת, והכילה ספרי מדרש ופסיקה, ספרי שו"ת ומחשבה, כתבי יד נדירים וספרים חדשים, ספרי מדע ואף ספרות יפה. גם ספריו של ידידו ש"י עגנון היו בספריה של הרב קאפח, ובהם הקדשה אישית ממנו.
הרב עודד את תלמידיו לשרת בצבא וראה זאת כמצווה גדולה. ובזמן שהיתה סכנה ממשית לאחיזתנו בהר הבית, היה הראשון שחתם על עצומה שדרשה מהרבנות הראשית לקבוע מהם ה"מקומות בשטח הר הבית המותרים בכניסה על פי הדין, עם הגבלותיהם ותנאיהם, כך שאפשר יהיה להקים מקום תפילה קבוע ליהודים על הר הבית בשטח שהכניסה אליו מותרת ללא כל חשש".
ענוותנותו וסבלנותו של הרב קאפח היו לשם דבר, וכל מי שהיה קרוב אליו הבחין מיד בדמות המקרינה את שלטון השכל על הגוף. בדיבורו, בדרך הילוכו, בהליכותיו, ואף בישיבתו בעת שהיה רכון על ספריו או שעה שהעביר את תורתו לתלמידיו – אפשר היה לחזות באדם שכל מילה היוצאת מפיו מדודה ושקולה. אף את ידו לא היה מזיז לחינם. רגילים בני אדם בשעה שלומדים או מרוכזים בדבר מה, להזיז רגליהם באי שקט מסוים, אך הרב קאפח בשכלו החד ובמודעות עצמית גבוהה שלט על תנועות גופו והיה מרוכז במעשיו ללא רבב. לעתים כאשר היו נכנסים לחדרו אפוף הספרים, היה צורך לקרוא לו על מנת שירים את ראשו מספרו, שאם לא כן לא היה מבחין כי נכנס מישהו לבקרו.

יהודים רבים מכל העדות, גברים ונשים, היו מתקשרים אליו או עולים לביתו ללא תיאום וללא מתווכים, והרב היה עונה להם כדרכו בנועם ובאדיבות ללא גבהות וכבוד. כאשר הרב היה מקבל שאלה בכתב עם מעטפה מבוילת עבור התשובה, שעליה נכתב התואר 'הרה"ג' או 'הרב' מצורף לשמו, היה נוהג למחוק בעט את הכינויים שצרפו לשמו, ומשאיר רק "יוסף קאפח".
הרב קאפח מיזג את עולמות התורה והחכמה יחדיו. דמות הפילוסוף המתבונן והחוקר, ודמות הפוסק הגדול השקוע בעמקה של הלכה, וחורץ משפט למגדול ועד קטן. עולמות אלו שלובים והדוקים ואינם ניתנים להפרדה ולפיצול. מזיגה מופלאה זו הייתה גם מנת חלקו של סבו הרב יחיא קאפח.

הרב קאפח זכה להוקרה בדמותם של פרסים רבים בהם זכה כפרס ביאליק, פרס הרב קוק, פרס הרב מימון, תואר דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת בר-אילן, וכמובן פרס ישראל.
בהגיעו לגבורות, גיל השמונים, חש הרב כי כוחותיו אינם עמו כשהיו בעבר, ועל אף זאת, המשיך ללמוד וללמד והספיק להכין עוד חמישה ספרים שיצאו לאור. בשבוע האחרון לחייו, רמז הרב לאחד מידידיו כי הגיע הסוף, ואף לתלמידיו אמר כי זהו השיעור האחרון. הם סברו כי זהו השיעור האחרון כי ביום המחרת יש תענית, אך הרב התכוון למשהו אחר.

ביום חמישי, צום י"ז בתמוז ה'תש"ס (2000), הרב לא הלך לבית הכנסת כי לא חש בטוב, ואף השיעור הקבוע לא התקיים. בשעה שתיים עשרה בלילה, ראתה הרבנית את הרב קאפח יושב בחדרו ולומד והוגה בתורה, ופניו כפני מלאך. בשעה שתיים בלילה התעוררה וצעדה לכיוון חדר עבודתו ומצאה את הרב ללא רוח חיים, שרוע מול הכניסה לחדרו, עיניו עצומות ופניו מביעות שלווה. לאחר מכן מצאו שספרו פתוח בסוף פרשת "תצווה" בדברי אבן עזרא המביא את מדרש רבה: "צורת יעקב אבינו חקוקה תחת כסא הכבוד...".

בי"ח בתמוז, יום שנשתברו הלוחות, נתייתמנו כולנו מגדול הדור. באחד ההספדים, ספד לו הראשון לציון הרב מרדכי אליהו, ואמר כי מי שרוצה לדעת כיצד הרמב"ם היה מתנהג, היה צריך לראות את הגר"י קאפח בהנהגותיו כי הוא היה "הרמב"ם של דורנו".